성균관을 계승한 성균관대학교는 626년의 역사를 자랑하는, 대한민국에서 가장 오랜 역사를 지닌 대학이다. 1398년[11] 개성에서 한성부 숭교방으로 성균관이 이전되었고, 기존의 개성 성균관은 향교로 격하되었다. 1895년 갑오개혁 이래 성균관에 경학과[12]가 설치되었으며 근대적 제도 개혁[13]이 이루어졌다. 그러나 1910년 경술국치 이후 성균관은 경학원(經學院)으로 개칭되었으며 근대적 대학 교육의 기능도 중단되었다. 이후 유림들에 의한 성균관 교육기능 회복 움직임[14]의 영향으로 부설된 교육기관인 명륜전문학교[15]마저도 태평양 전쟁으로 인해 1943년 폐교되었으며, 이듬해 명륜연성소로 개편되어 젊은 남성을 대상으로 각종 훈련과 근로 등을 수련하게 한 연성소(鍊成所)[16] 중 한 곳으로 전락했다. 1945년 광복 후 군정법령[17]에 의해 기관의 명칭이 경학원에서 성균관으로 회복되었고, 명륜연성소는 명륜전문학교로 환원되었다. 이후 전국유림대회를 통해 유림 천여 명은 성균관대학의 설치를 결의하였고, 이어서 성균관대학 기성회가 조직되었다. 이로써 김창숙의 주도 하에 명륜전문학교와 학린사[18]가 통합되어 재단법인 성균관대학이 설립되었다. 성균관대학은 1946년 문교부의 인가를 받았고, 캠퍼스는 전묘후학[19]의 원칙에 따라 옛 성균관의 뒤편에 자리잡게 되었다. 1953년 종합대학으로 개편되었으며, 1981년 자연계열 학과가 새롭게 조성된 수원시의 자연과학캠퍼스로 이설되었다. 이는 성공적인 이원화 캠퍼스 체제로 굳어져 현재에 이르고 있다. 옛 성균관의 부지 전체는 1964년 사적 제143호로, 건물 5동[20]은 앞선 1963년 보물 제141호로 지정되어 현재 국가가 소유하고 있다. 과거 이와 성균관대학교를 하나의 법인이 관리하였으나, 1963년 사립학교법이 시행된 이후 재단법인 성균관[21]과 학교법인 성균관대학으로 분리되어 각각 종교와 대학 교육의 기능을 전담하게 되었다. 법적으로는 분리되었지만 활발한 인적 교류[22]를 이어가며 깊은 상호 관계를 맺고 있다.
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